南京汽车客运南站位于南京市雨花台区玉兰路98号，紧邻亚洲最大的高铁站——南京南站。该站距离南京南站仅约步行特别钟的距离，是南京所有汽车站中距离南京南站最近的汽车站。
在2011年6月28日，南京的汉中门客运站、中华门客运站、下关客运站以及马群客运站这四大主要客运站正式停运，其班线调整至南京汽车客运南站始发。这标志着南京汽车客运南站成为南京市最主要的客运站。
南京汽车客运南站是民族公路主枢纽一级汽车客运站，总投资约为4.2亿元。该站占地面积约6.8万平方米，拥有23个发车位、21个检票口和22个售票窗口，并配备了直升电梯及多部扶手电梯。营运班线覆盖山东、浙江、湖北、安徽等六省，共有156条营运班线。
除了南京汽车客运南站，南京还有其他的汽车站如南京汽车客运站（别名小红山客运站）、南京长途汽车东站等。南京汽车客运南站位于南京市雨花台区核心区域，实现了火车、长途客运、地铁、市内公交、出租车、社会车辆等六种运输方式的无缝衔接和零距离换乘。其智能化综合枢纽的设计列为民族重点示范工程。
南京汽车客运南站于2011年6月28日正式启用，专注于为客运企业和旅客提供站务服务，具体的营运业务则由各客运公司负责。南站的公路运输管理办公室也会对客运企业进行严格的监督。旅客可以通过身份证检票上车，也可以在南站的窗口取票上车，取票时刻为早上5:30至晚上8:30。
目前，南京市公路长途客运主要有四个汽车站：中央门汽车站、长途汽车东站、客运南站和客运北站。其中，到马鞍山路线的车全部在客运南站发车。距离南京火车站最近的是中央门汽车站，但没有发往马鞍山路线的车，因此旅客需要前往客运南站乘车。从南京火车站到客运南站非常方便，乘客可以乘坐地铁1号南延线（药科大学路线）直达。
南京到马鞍山路线还有多趟火车，每天有20多趟。如果旅客觉得去客运南站麻烦，也可以在南京火车站直接乘火车去马鞍山。对于从南京站到南京长途客运总站的步行路线，全程约640米，起点为南京站北广场-出站口，沿途有详细的转向指示。
